日本は植物が多様で、植物相が豊富な国です。
我が国に生育する植物を対象に、植物の多様性が生じた理由や多様化に至った道筋を遺伝学的な手法を用いて明らかにすることを目指しています。
また、日本の野生植物の非常に多くの種が絶滅に瀕している状況にあるため、その保全を植物園という環境を活かして行うことも目標の一つです。