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馬渕 拓哉

准教授

【計算科学・分子流体工学】

小さな分子、特にイオンが複雑に入り組んだ構造の中を輸送するとき、どのような経路を輸送し、どのくらいの速さで伝導・拡散することができるのか?ナノスケールの世界で起きているイオン輸送現象は、生体分子(生命科学)から高分子材料(材料科学)まで、幅広い分野で重要な役割を担っています。私たちはこういった実験では見ることの難しい時空間スケールの現象を理論(分子シミュレーション)を用いて解明し、理論的に高効率かつ高機能な分子設計を行い、実験グループと協力しながら人工細胞や分子システムを構築する工学的応用から創薬などの医療応用まで幅広い展開を目指しています。

研究論文

  • Journal of Physical Chemistry B, 129, 4005-4011 (2025)

    "Molecular Insights into Fluoride Ion Uptake and Selectivity in the CLCF Fluoride/Proton Antiporter"

    A.Y. Nakamura and T. Mabuchi*

  • ACS Omega, 10, 15781-15789 (2025)

    “Oligolysine Enhances and Inhibits DNA Condensate Formation”

    H. Ohno, J. Kijima, Y. Ochi, M. Shoji, J. Taira, T. Mabuchi*, and Y. Sato*

  • JACS Au, 5, 606-617 (2025)

    “Mechanistic insights into oxidative response of heat shock factor 1 condensates”

    S. Kawagoe#, M. Matsusaki#, T. Mabuchi#, Y. Ogasawara, K. Watanabe, K Ishimori, and T. Saio*

  • Macromolecules, 56, 794-805 (2023)

    “Coacervate Formation of Elastin-like Polypeptides in Explicit Aqueous Solution Using Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations”

    T. Mabuchi*, J. Kijima, Y. Yamashita, E. Miura, and T. Muraoka*

  • Journal of Physical Chemistry B, 126, 3319-3326 (2022)

    “Revealing the anticorrelation behavior mechanism between the Grotthuss and vehicular diffusions for proton transport in concentrated acid solutions”

    T. Mabuchi*